Documentação técnica

Como usar os recursos do LGC com propriedade.

Navegue na lista de documentos técnicos abaixo. Eles detalham como os recursos do LGC podem ser utilizados para se obter o melhor proveito do laboratório.


Acesso remoto

Os recursos do LGC podem acessados remotamente através de uma conexão SSH. Entretanto, por questões de segurança, a autenticação não é feita através de login e senha, mas sim através de um par de chaves criptográficas. Abaixo listamos os passos para a habilitação do acesso remoto. Os comandos descritos pressupõem que o computador utilizado para estabelecer a conexão com o LGC utiliza o sistema operacional GNU/Linux.

  1. Junto a administração do LGC, solicite a liberação de acesso remoto ao LGC.
  2. Na máquina cliente, ou seja, na máquina que usará para acessar o LGC, gere um par de chaves criptográficas. Para tanto, em um terminal texto, rode os comandos (para o primeiro, aceite todas as opções padrão)
    ssh-keygen
    ssh-add
    
  3. O arquivo $HOME/.ssh/id_rsa.pub deve ser copiado para sua conta no LGC. Como o acesso remoto ainda não está habilitado, faça isso por exemplo copiando o arquivo em um pen-drive.
  4. Em uma máquina do LGC, salve o arquivo id_rsa.pub do pen-drive em $HOME/Downloads/.
  5. Em um terminal texto, rode o comando
    cat ~/Downloads/id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys
    

Feito isto, o acesso estará habilitado. A máquina que dá acesso remoto ao LGC é caruara.ime.unicamp.br, na porta 2022. Para acessá-la, basta rodar

ssh -p 2022 seulogin@caruara.ime.unicamp.br

Estabelecida a conexão com a máquina caruara, as outras máquinas do LGC estarão acessíveis via SSH e autenticação por login/senha.

Caso queira logar diretamente em uma máquina do LGC, também é possível fazê-lo com

ssh -J seulogin@caruara.ime.unicamp.br:2022 nome_da_maquina

ATENÇÃO: Por política do IMECC, as máquina dos instituto não podem ser acessadas a partir da rede EDUROAM. Isto significa que se você estiver usando esta rede não conseguirá logar na máquina caruara.ime.unicamp.br.


Troca de senha

Caso queira trocar sua senha de acesso aos computadores do LGC, você deve logar na máquina bufalo e executar o comando yppasswd. Note que a máquina bufalo é acessível apenas da rede interna do LGC e que a senha atual será exigida.

ssh seulogin@bufalo
yppasswd

Caso tenha esquecido sua senha atual, você precisará entrar em contato com a coordenação do LGC e solicitar uma nova senha.


Quota de disco

Todo usuário do LGC tem espaço limitado para armazenar seus arquivos no diretório /home/. O tamanho disponível para cada usuário varia, dependendo da classe do usuário e da necessidade específica.

Para conferir quanto espaço você tem e quanto já está sendo usado, rode em um terminal os comandos:

quota -s

Ao executar o comando acima será exibido no tela um relatório como o abaixo:

Disk quotas for user fulano (uid 1234): 
     Filesystem   space   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
172.16.0.9:/home   289M  15000M  20000M             608       0       0        

Na coluna space está exibido o quanto de sua cota está sendo consumida. Na coluna quota você pode ver qual espaço máximo reservado para você. Na coluna limit aparece o espaço máximo que você pode usar por um tempo determinado (alguns dias) antes que sua conta seja bloqueada.

Caso você ultrapasse seu limite de espaço em disco, provavelmente você não conseguirá mais logar nos computadores do LGC, uma vez que sempre é necessário alguma escrita em disco. Se você perceber que está chegando perto, ou mesmo ultrapassou seu limite de espaço indicado em quota, apague arquivos desnecessários para evitar problemas. Caso você tenha atingido o limite e não consiga mais se logar, entre em contato com a coordenação do LGC.


Madagascar

Para usar o pacote de processamento sísmico Madagascar é necessário que algumas variáveis de ambiente sejam definidas. Por conveniência, no LGC esses ajustes são feitos automaticamente.

Caso você tenha problemas com a execução de comandos ou scripts do Madagascar, em um terminal execute o bloco de comando a seguir:

cat <<EOF >>$HOME/.bashrc
[ -e /usr/local/bin/madagascar-env.sh ] && . /usr/local/bin/madagascar-env.sh
EOF

Saiba também que no LGC os arquivos binários gerados pelo Madagascar são armazenados em $HOME/scratch, por padrão. Esse é um diretório local a cada máquina e, portanto, arquivos gerados em uma máquina não são visíveis em outra. Como vantagem, discos locais têm acesso mais rápido e não consomem a cota de disco de cada usuário. Para alterar esse comportamento, de modo a preservar os arquivos binários gerados pelo Madagascar, execute em um terminal o seguinte bloco de comandos:

echo 'export DATAPATH=$HOME/data' >> $HOME/.bashrc
[ ! -d $DATAPATH ] && mkdir $DATAPATH

Logout forçado

Na eventualidade de sua seção gráfica ficar travada, você pode forçar o logout, encerrando todos seus processos em execução na máquina. Para tanto, é necessário que você tenha acesso a uma outra máquina do LGC, que esteja funcionando normalmente. Siga os passos abaixo, onde maquinaA representa a máquina da qual se quer deslogar encerrando todos os processos em execução e maquinaB representa a máquina que está operando normalmente.

  • Logue na maquinaB, quer seja localmente no LGC ou remotamente, via SSH.
  • Execute o comando:
  • ssh maquinaA "pkill -KILL -u seu_user_name"
    

OpendTect

O software OpendTect está instalado nos desktops do LGC. Para acessá-lo, rode:

export LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=1
start_dtect

Memória e disco

O LGC tem muito espaço para armazenamento de dados. Esse espaço é estratificado e deve ser utilizado em consonância com o propósito. Mais especificamente, em progressão ascendente de velocidade de acesso e descendente de tamanho disponíveis, temos:

  • Memória local da máquina: varia de 16GB nos desktops a 192GB nas estações de processamento.
  • /run/user/<seu_uid>: porção da memória da máquina local, que pode ser utilizado como se fosse um sistema de arquivo. Permite “gravar” arquivos muito rapidamente, visto que tudo é feito em memória, mas por isto mesmo não há preservação dos dados. Pode ser utilizado para gravar dados temporários de um programa, que possam ser descartados ao final da execução do programa. No LGC, este espaço é limitado a 50% da memória total da máquina, mas pode ser menor, caso a memória já esteja comprometida com o sistema ou com processos de outros usuários. Como este diretório é local a cada máquina, o conteúdo dele dependerá da máquina em se está logado. Assim que o usuário se deslogar da máquina, esse diretório é apagado. Para descobrir seu uid, use o comando id.
  • /scratch: diretório local em cada máquina, onde usuários podem escrever/ler arquivos temporários. O tamanho deste diretório varia entre máquinas, podendo ser da ordem de 180GB em desktops a 2TB em nós de processamento. Arquivos salvos nesse diretório só são visíveis na máquina local, não sendo compartilhados a outras máquinas. Por ser local, tem acesso rápido visto que não é impactado pelo tráfego de rede.Os arquivos criados no diretórios /scratch são temporários, ou seja, serão apagados automaticamente após 7 dias. Se precisar preservar algum arquivo, copie-o para sua área pessoal (sujeita à limitação de espaço).
  • /home/<usuario>: diretório pessoal do usuário, sujeito a quota de disco e compartilhado via rede. Deve ser utilizado para salvar dados que queira preservar e/ou ter acessíveis a partir de qualquer máquina do LGC. Normalmente a quota de disco disponível para esse diretório é de 15GB podendo ser ampliada se houver necessidade. Arquivos salvos aqui estão protegidos por backup’s diários. Atualmente, para o /home o LGC dispões de 11TB. Este é o único diretório que conta com a segurança do sistema de backup do LGC. Para conferir sua cota de disco, digite em um terminal quota -s.
  • /processamento/<usuario>: diretório pessoal do usuário, visível apenas aos nós de processamento (as máquinas neuronio). Arquivos salvos aqui não têm backup. É responsabilidade do usuário mover para /home/<usuario>/ os arquivos que queira preservar. Atualmente, para o /processamento o LGC dispõem de 11TB.

Caso você realmente precise de mais espaço para o armazenamento perene de arquivos, entre em contato com a administração do LGC.